1.腎、泌尿道結核
腎、泌尿道結核是結核桿菌引起的腎臟和泌尿道感染。症狀、體徵、尿改變都可與慢性腎盂腎炎相似，其區別點是腎、泌尿道結核時尿路刺激症狀明顯，尿沉渣塗片可找到抗酸桿菌（要除外尿垢桿菌污染），尿普通細菌培養陰性而結核桿菌培養陽性，尿亞硝酸還原試驗陰性。X線檢查有時可見腎區有結核病竈鈣化影或有蟲蝕樣組織缺損區（乾酪壞死竈）。部分腎結核患者可找到肺、腸及腹腔、骨、前列腺、副睾或盆腔結核病竈。
2.尿道綜合症
是女性常見的下尿路疾病，有明顯的尿頻、尿急、排尿困難等尿路刺激症狀，但多無全身表現，無腰痛、無上輸尿管點、肋腰點壓痛，無腎區叩痛，中段尿檢查白細胞數不增多或稍增多（一般《10個/HP）多次尿細菌培養菌落數《 10×107/L（105/ml），症狀經2-3天后逐漸消失，但卻容易復發，該綜合徵有一部分可能爲病原體感染，另一部分可能爲非感染性疾病。
3.慢性腎小球腎炎
慢性腎小球腎炎無明顯尿路刺激症狀，尿沉渣中白細胞數增多不明顯，無白細胞管型，尿細菌檢查陰性，而尿蛋白含量較多，易引起低蛋白血癥，腎小球功能損害較明顯。腎盂腎炎的尿蛋白量較小，一般在1-2g/24小時以下，而腎小管功能損害較明顯。根據這些特點，兩者鑑別不難。但晚期病例兩者皆可以尿毒症爲主要表現，鑑別有時困難，特別當慢性腎小球腎炎合併尿路感染時，更是如此。這時需詳詢病史和過去表現。結合兩病各自的臨牀特點，加以分析、才能判定。若是慢性腎小球腎炎合併感染，經過治療將感染控制後，腎小球腎炎的特點可明顯地表現出來。
4.其它疾病
急性腎盂腎炎或慢性腎盂腎炎急性發作而以血尿爲突出表現者，當血塊通過輸尿管時，可引起腎絞痛，這時須與泌尿道結石鑑別，通過詢問病史，尿細菌學檢查，必要時作腹部X線照片或靜脈腎盂造影，可鑑別。
