肛管癌以鱗狀細胞癌最多見，約佔2/3以上。按細胞分化程度分高、中和低分化癌。少數爲腺癌。至於肉瘤和淋巴瘤在肛管區少見。惡性黑色素瘤在肛管直腸腫瘤中不足1%。中山醫科大學腫瘤醫院統計肛管直腸腫瘤574例中，僅有4例黑色素瘤，佔0.7%。但其惡性度極高，生長快，迅速轉移至區域淋巴結和其他臟器，預後甚差。
肛管癌擴散途徑主要是淋巴道轉移，而且主要是沿直腸上動脈向上方轉移至直腸旁淋巴結，匯成直腸上淋巴結，繼而轉移到腸繫膜下動脈周圍。肛管癌亦可向側方淋巴轉移至髂內、髂總淋巴結。向下方轉移主要向前經過會陰及大腿內側部皮下組織到達腹股溝淺淋巴結，少數向後沿臀部外側經兩側髂嵴進入腹股溝淺淋巴結，最後均匯至腹股溝深淋巴結和髂外、髂總淋巴結。可見，腹股溝淋巴結轉移常可成爲第1站淋巴結轉移，與直腸癌有所不同。其次，肛管癌局部擴散可侵入肛門括約肌、陰道後壁、會陰、前列腺和膀胱，造成肛管陰道瘻或肛管膀胱瘻，所以在行腹會陰聯合直腸切除術治療肛管癌時，會陰部切除範圍應較直腸癌手術時廣泛。肛管癌第3條擴散途徑是經血道至肝、肺、骨、腹膜等。
2.分期 肛管癌臨牀病理分期種類較多較雜，目前從國際抗癌協會（UICC）的TNM分類法（1997）應用最多。
分期標準：
T原發腫瘤
Tx原發腫瘤未能確定
T0無原發腫瘤
Tis原位癌
T1腫瘤最大徑≤2cm
T2腫瘤最大徑》2cm
T3腫瘤最大徑》5cm
T4腫瘤不論大小，但已經侵犯鄰近器官如陰道、尿道、膀胱（僅侵犯括約肌不屬於T4）
N區域淋巴結
Nx區域淋巴結未能確定
N0無區域淋巴結轉移
N1直腸周圍淋巴結轉移
N2單側髂內和（或）腹股溝淋巴結轉移
N3直腸周圍淋巴結和腹股溝淋巴結轉移，和（或）雙側髂內和（或）雙側腹股溝淋巴結轉移
M遠處轉移
Mx遠處轉移未能確定
M0無遠處轉移
M1有遠處轉移
