尋找和確定的肛瘻內口的方法有：
一肛鏡檢查 直視下看到齒線全部，內口常在紅腫發炎的肛瘻，有分泌物，對可疑的肛隱窩可用銀質園頭探針探入。
二探針檢查 先於肛門內插入手指，用銀質園頭探針，由外口沿管道向腸腔方向輕輕探入，完全性肛瘻，腸腔內手指在齒線附近可摸到探針確定內口，探時切忌盲目用力，免成假道，使感染擴散。
三染色檢查 將幹紗布放入直腸內，將美蘭1～2ml由外口徐徐注入，然後拉出紗布，如有染色，即證明有內口存在。
四手術檢查 切開瘻道，沿瘻道尋找內口，一般容易找到。
五肛竇鉤檢查 以窺器伸入肛門，可見有紅腫炎症的肛竇，內口多在此處。用肛竇鉤反覆檢查肛竇，不難找到內口。探時忌用暴力，以免穿破正常肛竇，造成新的感染內口。
六美藍標記 將一塊適中的紗布放置於肛門內，而後將5%的亞甲藍水溶液由外口注入瘻管，然後輕輕將紗布拉出，觀察內口的位置。爾後，用窺器擴開肛門，在齒狀線附近，着色最顯着處，以肛竇鉤或探針探查，多數可發現內口。
七其他 如X線檢查、肛管壓力測定等檢查方法，較少用，有條件者也可採用。
