三期梅毒亦稱晚期梅毒，一般顯現在潰爛後的1年以上，而且進度慢慢，不停時間也較長，如得不到合適治療時，可長達數十年不愈。三期損害可自行癒合，但在鄰近部位又會有新的損害發生。其損害的一同高雅爲皮損數目少，常限制，不對稱，炎症輕微，一般無顯眼然自覺症狀，但破壞性強，可形成嚴重的構成缺損，可致成殘廢，甚至危及生命。通常你會有一些身體上的警告，也是晚期梅毒的表現。
表現一：脊髓癆
脊髓癆是最痛苦的梅毒症狀。手、腳或是眼睛出現突然劇烈的“電擊刺痛”，就只是開始。腸胃極度難受，這通常會持續多年。突然的劇痛會讓患者倒地抽筋啜泣;嘔吐不止導致虛弱與筋疲力竭。
脊髓癆是因脊髓索狀組織的神經細胞受損所致，這使得患者失去位置感，慢慢地，其身體動作無法協調。脊髓癆患者經常有不正常的感覺能力，步伐僵硬蹣跚、走路東倒西歪，有時候拖着腳走，症狀有：解尿困難、性無能、視線模糊、手腳麻痹、對溫度變化感覺錯誤。瞳孔縮小不正常，對光線沒有反應，但對眼睛調節有反應，被稱爲“阿蓋爾—羅伯遜瞳孔”，脊髓癆和麻痹性癡呆經常會出現此症狀。
脊髓癆和麻痹性癡呆一起出現時，叫作“脊髓癆麻痹性癡呆”。在這種狀況下，尤其是女性，麻痹性癡呆比起脊髓癆輕微。
表現二：腦膜的或腦膜血管的梅毒
心血管梅毒在感染五年後有徵兆，胸口出現疼痛，害怕會心臟衰竭，不過也有可能30年在臨牀上都沒有明顯的心臟症狀。腦膜的梅毒會導致頭疼、噁心、嘔吐、腦神經麻痹、緊繃，以及個性改變。腦膜血管的梅毒一開始會使得人頭痛、暈眩、失眠、心理異常，中風則很普遍。心臟性梅毒是末期梅毒最危險的症狀之一。
感染之初的幾個月，螺旋體就表現出對於大動脈有特殊的喜好，開始造成緩慢發炎，數十年後血管封閉，血管壁因爲組織受損而變得薄弱。在青黴素發明之前，幾乎所有梅毒患者的心臟疾病，都是大動脈遭受梅毒感染所致。這通常只有解剖纔會發現，因爲大動脈會出現第二個聲音，造成音調明顯改變，但是以聽診器診斷往往沒注意到，即使發現音調改變，也以爲只是高血壓。“說起來很矛盾，第一個警告可能就是猝死。”
表現三：麻痹性癡呆
麻痹性癡呆在感染後幾年至幾十年內都可能發作。麻痹性癡呆通常會出現引人注目的行爲，如：妄想症，言行浮誇，對於宗教、神話或是皇室人物產生認同，有時候有狂怒和暴力行爲。
接下來數月數年，有時癡呆有時神智清楚，神智清楚時好像痊癒。麻痹是逐漸發生的，而患者往往最後幾年住在精神病院。麻痹性癡呆造成人格扭曲、行爲異常、過度反應、眼神異常、感覺中樞改變、智能損傷，以及口齒不清。
有時候，梅毒患者可能被這些--感覺腦部有電流、突然頭暈、耳中有嗡嗡和咻咻聲、暈眩、聽到天使唱歌的幻覺--折磨。此警告階段通常有一種爆發性的現象，患者覺得充滿精力，有能力去完成需要最精確控制的表達，這時候，患者不會被懷疑有梅毒，因爲他的神智非常清楚，完全沒有癡呆。
患者通常被誤診爲躁狂症或躁鬱症。斯托克斯寫道：“腦部神經系統梅毒造成躁狂沮喪，有多種可能性……沮喪的狀態較難以區別，似乎沒有一種狀況足以讓我們區分麻痹性癡呆的沮喪與躁狂症的精神疾病……由於兩者可能發生完全相同的妄想症，因此在躁狂的階段也很難區別這兩種疾病。”
