預防食管癌的發生無疑是控制食管癌的最根本措施，根據食管癌發生發展的多階段性，即啓動、促進、演進階段，從病因學、發病學和臨牀醫學演進的觀點出發，預防食管癌的發生發展分爲三級預防。
1.一級預防
一級預防即病因學預防，是降低食管癌發病率的根本途徑，與流行病學研究和病因學研究的進展密切相關，這是最理想的方法，但困難很大，目前還很難全面開展。
(1)改變喜食黴變食物的習慣：目前已有充分證據說明食用黴變食物特別是酸菜、黴窩窩頭和魚露是食管癌發病的重要因素之一，因此應大力宣傳這類食品對人體健康的危害，使羣衆少吃或不吃，同時鼓勵種植蔬菜和水果，以增加鮮菜和水果的攝入，補充維生素C。黴變的食物，一方面產生黴菌毒素或代謝產物，一方面促進亞硝胺的內合成，是導致食管癌的主要病因，多吃新鮮蔬菜或補充維生素C可阻斷體內亞硝胺的合成，可使胃內亞硝胺含量降低，從而降低了胃內亞硝胺的暴露水平。另外林縣的營養預防試驗發現，補充核黃素和煙酸能降低食管癌的發病率15%。同時也應積極研究科學的酸菜製作和保存方法，以滿足當地居民世代以來養成的傳統飲食習慣。
改變不良飲食習慣，不吃黴變食物，少吃或不吃酸菜。改良水質，減少飲水中亞硝酸鹽含量。推廣微量元素肥料，糾正土壤缺鉬等微量元素狀況。應用中西藥物和維生素B2治療食管上皮增生，以阻斷癌變過程。積極治療食管炎、食管白斑、賁門失弛緩症、食管憩室等與食管癌發生相關的疾病。易感人羣監視，普及防癌知識，提高防癌意識。
(2)糧食的防黴：黴變的糧食含有多種致癌的毒素，因此積極開展糧食的防黴去毒工作非常重要，特別是應宣傳家庭儲糧的防黴的重要性。一般糧食的含水量在13%以下可達到防黴的要求，一旦發現糧食已經黴變，應採取勤曬，食用時挑揀，多次清洗並加鹼處理，可有效減少黴菌毒素的攝入。
(3)加強飲用水的衛生管理：現已發現食管癌高發區水中的亞硝胺含量明顯高於低發區。因此搞好環境衛生，防止水源污染十分重要，逐漸減少飲用溝塘水的地區，推廣土自來水。對食用的溝塘水也應進行漂白粉消毒，可明顯降低水中亞硝胺含量和殺滅其他傳染病菌。
(4)遺傳致病因素的預防：食管癌具有較普遍的家族聚集現象，表明有食管癌家族史的患癌易感性確實存在，應加強同代人羣的監測工作。患者爲男性，就加強男性監測，特別是49歲前的人羣，患者是女性，加強女性監測，特別是50～69歲的人羣，並且應把3代人中發生過2例或2例以上食管癌死亡的家庭，當作危險家庭，對這些家庭中40～69歲的成員當作風險人羣，定期體檢，提供預防性藥物或維生素，勸導改變生活習慣等，對降低食管癌發病具有一定的積極意義。
2.二級預防
對於食管癌，當前要完全做到一級預防是不可能的。由於食管癌的發生、發展時間較長，如能做到早期發現、早期診斷並予以及時治療，特別是阻斷癌前病變的繼續發展，是當前現實可行的腫瘤預防方法。
(1)普查：將高發區年齡在35歲以上，有食管癌家族史，或存在食管上皮增生的患者定爲高危人羣，予以重點監測，並且對食管癌高發區35歲以上居民儘量予以普查。普查以食管拉網細胞學檢查爲主，發現可疑患者，應儘快進行內鏡檢查，以達到早期診斷的目的。對食管癌的早期表現，如“吞嚥不適感”應使高發區廣大人羣所熟知，可提早患者的就診時間，以便早日診斷和治療。
(2)癌前病變的藥物預防：食管癌的癌前病變主要指食管上皮重度增生，用抗癌乙Ⅲ片(山豆根、敗醬草、白蘚皮、黃藥子、夏枯草、草河車六味藥組成的抗癌乙片內加2mg 5-氟尿嘧啶)、抗癌乙片和太洛龍治療食管上皮重度增生，未治療組癌變率爲7.4%;治療組癌變率：抗癌乙Ⅲ組爲2.5%，抗癌乙片組爲1.4%，太洛龍組爲2.3%，均較未治療組有顯著差異且恢復正常者亦多於未治療組。
中國科學院1983年起，在食管癌高發區河南林縣河順鄉和安陽縣磊口鄉，進行食管癌前病變的阻斷性治療研究。通過食管細胞學普查，檢出食管上皮重增患者2531人，隨機分爲三組，分別服用抗癌乙片、維胺酯和安慰劑。檢出輕增3393人，隨機分爲二組，分別服用核黃素和安慰劑。3年和5年內患者的服藥率在90%以上，服藥3年和5年後，進行了食管細胞學複查，結果證明。抗癌乙片使食管重增的癌變率下降了52.2%，達到了預定的目標。維胺酯和核黃素也顯示有一定的阻斷作用，分別使食管重增和輕增的癌變率下降37.3%和22.2%，並發現適當提高維胺酯的服用劑量，可明顯提高其防癌作用。核黃素服用5年後，使食管輕增的癌變率下降34.8%，比服藥3年後輕增的抑制率22.2%，增加56.8%，說明核黃素服用愈久，抑制輕增癌變的作用愈明顯。實驗所用抗癌乙片是由六味中藥製成，是我國獨有、價格低易於推廣。維甲類化合物是目前根據最充分和最有希望的一類腫瘤預防藥。維胺酯作用強，毒性低，有很好的預防效果。核黃素是人體必需的維生素，如能進一步確證其防癌效果，則具有深遠意義。
