臨牀上，鼻咽癌與一些鼻咽部疾病症狀相似而易與混淆，如鼻咽部增生性病變、鼻咽部淋巴肉瘤、鼻咽部結核等。所以如果對疾病了解較少，則容易將鼻咽癌與其他疾病混淆而延誤診斷及治療。
易與鼻咽癌相混淆的疾病有如下幾種：
1、增生性病變
鼻咽部增生性病變可在鼻咽頂壁、頂後壁或頂側壁發現單個或多個結節，隆起如小丘狀，大小約0.5cm～1cm，結節表面粘膜呈淡紅色，光滑，多是在鼻咽粘膜或腺樣體的基礎上發生。但當結節表面的粘膜出現粗糙、糜爛、潰瘍或滲血，需考慮癌變的可能，應予活檢，以明確診斷。
2、鼻咽部淋巴肉瘤
淋巴肉瘤好發於青年人，原發腫瘤較大，常有較重鼻塞及耳部症狀，該病淋巴結轉移，不單侷限在頸部，全身多處淋巴結均可受累，顱神經的損傷不如鼻咽癌多見，最後需要病理確診。
3、鼻咽部結核
鼻咽部結核患者的症狀除鼻阻、涕血外，還有低熱，盜汗、消瘦等症，檢查見鼻部潰瘍、水腫、顏色較淡；分泌物塗片，可找到抗酸桿菌，可伴有頸淋巴結核；淋巴結腫大，呈馬鈴狀，粘連，無壓痛。此外，患者多有結核病史，可加以鑑別
4、咽粘膜炎症
表現爲粘膜粗糙，尤其是重度炎症時，鼻咽粘膜濾泡增殖，表面凹凸，甚至可呈桑椹樣，表面附有膿性分泌物，常需與粘膜浸潤性癌相鑑別。
6、萎縮性鼻炎
鼻咽頂前黏膜有淺在性潰瘍，周圍有膿性分泌物，需與潰瘍型鼻咽癌鑑別。
