1.下段食管炎 常伴隨有裂孔疝及胃液反流，病人有長期“燒心”、反酸史，體態多矮胖，炎症時間長引發瘢痕狹窄，出現吞嚥障礙。X線鋇餐表現下段食管及賁門狹窄，黏膜可以不整，食管鏡檢查可見炎症肉芽和瘢痕，肉眼觀察有時與癌不易區分，反覆多點活檢如一直爲陰性結果即可確診。
2.消化性潰瘍 上腹部不適，輕度食後飽脹，消化不良，或心窩部隱痛等，都易與賁門癌相混淆。且消化道潰瘍出血與賁門癌出血難以鑑別，胃鏡活檢確診率較高。
3.賁門失弛症 病人年輕、吞嚥困難病史長，但仍能保持中等的健康狀況。X線食管造影可見對稱光滑的賁門上方漏斗形狹窄，及其近側段食管高度擴張。
