黃花菜還是一味有效的中藥。它的花、葉、根曬乾後，均可入藥用。
祖國醫學認爲，花有健胃、通乳、補血的功效，哺乳期婦女乳汁分泌不足者食之，可起到通乳下奶的作用；根有利尿、消腫的功效，可用於治療浮腫，小便不利；
葉有安神的作用，能治療神經衰弱，心煩不眠，體虛浮腫等症。
習慣上各種萱草的根入藥不分，而作爲食用只用黃花萱草的花蕾。
常用方法：
1、乳汁缺乏：用鮮黃花菜根60克，豬蹄１只，共燉熟，加適量黃酒調味，吃蹄喝湯。
2、小便不利，水腫：用鮮黃花菜根9-15克，水煎服，一日1-2次。
3、神經衰弱，心煩失眠：用黃花菜葉6克，合歡皮6克，水煎服，一日2-3次。
4、肝炎或有黃疸：用鮮黃花菜根60克，車前子9克，水煎服，一日1-2次。
5、紅眼病：用黃花菜30克，馬齒莧30克，水煎服，每日早晚各服1次。
注意：本品的根，久服或服用過量，可引起小便失禁。常用量爲9-15克（幹品）。
