脂肪乳劑的臨牀應用在我國已有多年，但仍有些不規範的用法，要合理使用應做到如下。
靜脈營養時，應先將各種營養素在體外混合後輸入。
只有熱量物質(如葡萄糖、脂肪乳劑)、含氮物質(複方氨基酸)、維生素等營養素同時輸入，才能發揮最佳促進蛋白質合成的作用。要避免營養製劑的單瓶輸注，不但療效差，還易發生不良反應。
應注意個體化給藥。
嚴格按照機體的能量需求和代謝能力進行輸注，採用輸注全腸外營養液(TNA液)的方式，針對不同病情可適當添加含ω-3脂肪酸，橄欖油或維生素E的脂肪乳，使脂肪乳劑的作用能夠充分發揮。
在一般情況下，脂肪乳劑提供的能量應占總熱量的25%~30%，或佔非蛋白能量的30%~50%。脂肪乳劑的推薦攝入量爲1.0~2.0克甘油三酯/千克，其輸注速度爲0.1~0.15克甘油三酯/(千克·小時)。劑量過大、速度過快輸注可產生不良反應，包括心悸、出汗、呼吸急促、高甘油三酯血癥、凝血功能異常、肝功能異常、網狀內皮細胞系統功能受損、免疫抑制等臨牀表現。因此，輸注脂肪乳劑時應監測血漿甘油三酯水平，避免過量應用脂肪乳劑所致的損害。
在使用過程中，要確保脂肪微粒的穩定性。
一旦脂肪乳劑的穩定性遭到破壞，脂肪微粒裂解、融合，可能導致脂肪栓塞的嚴重後果。其影響穩定性的因素很多：如溶液的酸鹼度、電解質及溫度等。不能在脂肪乳劑中加入電解質溶液(可是在臨牀上，常加入鈣劑、鎂劑和磷酸鹽等，應該避免)，以及其他藥物。
脂肪乳劑的不良反應發生較少，但仍有可能會發生輸液反應、血尿、急性腎衰、精神異常、過敏反應、心律失常、噁心、嘔吐、外周靜脈炎等，尤其是脂肪乳劑導致的脂肪超載綜合徵更應引起臨牀醫師的充分重視。
脂肪超載綜合徵爲脂肪廓清能力下降所致，可有嗜睡、發熱、呼吸急促、心率加快、血壓升高或降低、血小板水平降低、貧血、高脂血症、肝功能異常及昏迷等臨牀表現。因此，爲減少不良反應的發生，應保證脂肪乳劑配製和輸注過程的規範操作，避免超長時間、劑量過大、輸注速度過快的應用。
對於少數特殊患者，如高膽固醇血癥，凝血功能障礙或免疫功能不良者，應慎用或不用脂肪乳劑。
