己烯雌酚雖有安胎和避孕的作用，但也可導致胎兒發育異常。美國科學家的一份調查結果表明，服用過己烯雌酚的人生下的女孩，其陰道和宮頸細胞都有不同程度的病變。研究表明，陰道透明細胞腺癌近幾年在少女和年輕婦女中的發病率有增加趨勢。據調查，這些病人在出生前就受到過己烯雌酚的影響。胎兒期接觸過己烯雌酚的婦女，年齡到24歲時患本病的累積危險性是0.14%～1.4%。還有相當多的人有子宮頸和陰道的良性組織改變，稱爲腺瘤病。通過對胎兒期接觸過己烯雌酚的婦女常規檢查發現，約有1/3的人有上述異常。
研究人員證實，在胎兒期接觸過己烯雌酚的男性中，生殖系統異常的發生率也很高，4.33%有睾丸異常，3%睾丸發育不全，2.1%有隱睾歷史，1.1%睾丸硬結。這些病人與相同年齡組、在胎兒期未接觸過已烯雌酚的人相比，睾丸異常的發生率有顯著增加。病人的精液檢查表現爲精子計數減少和精子活力下降，從而說明病人生育力的損害可能是應用己烯雌酚治療後的另一個後果。
懷孕期間服用己烯雌酚還可造成胎兒畸形，使女性男性化、男性女性化，出現尿道下裂、附睾、睾丸和精子異常，甚至引起腦積水、腦脊膜膨出等。同時，對孕婦還可能造成肝臟和腎臟的損害，使哮喘的發病率明顯上升，還可能促使膽汁中的膽固醇飽和而形成結石，誘發胰腺炎和血栓栓塞性疾病。
尤其在懷孕早期，也就是在懷孕的前三個月，被稱爲敏感期。此時，如果有“侵襲”，包括病毒感染、特殊感染、亂用藥物、營養物質攝入不足等，均可殃及胎兒，造成嚴重的後果。藥物的代謝也會殃及下一代，避孕藥物裏就有雌激素的成分，因此，當計劃懷孕時，最好停用避孕藥物半年以上，以免給寶寶造成不良後果。
