由於毓婷的服藥劑量很小，用藥的時間短，人們又只是偶爾用藥，所以毓婷的副作用很小。但地壇醫院藥品不良反應中心程主任表示，這種藥對身體仍然會有影響，尤其是反覆多次服用。人與人之間的個體差異很大，少數人服用毓婷後，可能會有輕微的頭暈、乳房脹痛、頭痛、乏力、噁心，偶爾還可能嘔吐，在服藥的過程中少吃點東西，倒可以減輕反應。但這樣的情況一般不需要治療，一兩天就會慢慢減輕、消失。
不過，毓婷對女性的月經很可能會有一些影響。正常的月經週期中，前半個月經週期，女性體內的激素成分是雌激素，後半個月經週期，女性體內的激素成分變爲了雌激素和孕激素。所以，如果是在前半個月經週期內服用毓婷，可能對月經干擾很大，容易出現陰道出血，有的出血量很少，有的卻和平時的月經量差不多，皮膚還可能伴有斑點出現，要特別注意;而後半個經期影響則比較少。
同時;毓婷還會造成部分女性月經提前或延遲，這都是因爲外來的激素改變體內正常的激素水平，使身體的內分泌出現混亂，不需要特別處理。
儘管毓婷的副作用很小，而且效果很好，失敗率只有2%，但是它仍然不能被當作常規避孕藥反覆、多次服用。本站婦科專家建議，一個月經週期最好只吃一次，因爲緊急避孕的藥劑量高，一次緊急避孕的藥量一般相當於8天的常規短效口服避孕藥量，多吃會增加副作用，傷害身體。而嚴重的心腦血管病患者、急性局竈性偏頭疼和嚴重的肝、腎功能不全的人更要慎用。
禁吃避孕藥的十種女性：一般而言，凡是身體健康的已婚育齡婦女均可使用避孕藥，但處於下列情況的婦女不宜使用口服避孕藥：#p#副標題#e#
1、患有心臟病或心功能不良的人不能使用。避孕藥中的雌激素能使體內水、鈉等物質滯留，會加重心臟負擔。
2、患慢性頭痛特別是偏頭痛和血管性頭痛的婦女不宜使用，否則會加重症狀。
3、甲狀腺功能亢進的婦女，在沒有治癒前，最好不要使用避孕藥。
4、患有急、慢性肝炎和腎炎的婦女不宜服用。因爲進入體內的避孕藥都在肝臟進行代謝，經腎臟排泄，如果患有急、慢性肝炎和腎炎的婦女使用，將會增加肝、腎負擔。
5、有高血壓的婦女不宜使用。少數婦女用藥後會使血壓升高。
6、有糖尿病及糖尿病家族史者不宜使用。由於服用避孕藥後，可能會使血糖輕度升高，使隱性糖尿病變爲顯性，故對患有糖尿病的女性會產生不良影響。
7、乳房良性腫瘤、子宮肌瘤以及各種惡性腫瘤患者不宜使用，以免對腫瘤產生不良影響。
8、過去或現在患有血管栓塞性疾病(如腦血栓、心肌梗塞、脈管炎等)者不能使用。避孕藥中的雌激素，可能會增加血液的凝固性，會加重心血管疾病的病情。
9、過去月經過少者，最好不用。長期使用避孕藥可使子宮內膜呈萎縮狀態，更會減少月經量。
10、哺乳期婦女不宜使用。避孕藥可使乳汁分泌減少，並降低乳汁的質量，還能進入乳汁，對哺乳兒產生不良影響，所以哺乳期婦女不宜使用。
