治療角膜潰瘍的基本原則是採取一切有效措施迅速控制感染，爭取早日治癒，將角膜炎的後遺症減少到最低程度。由於大多數潰瘍性角膜炎爲外因所致，因此，除去致病外因，消滅致病微生物極爲重要。爲了有助於病因診斷，應從角膜潰瘍的進行緣取材做塗片，作細菌培養和藥物敏感試驗（必要時做黴菌培養）。但不要爲等待試驗結果而貽誤治療，應立即採取必要的措施。茲將治療過程、應注意事項和應用方法敘述如下：
1.熱敷：使眼部血管擴張，解除壅滯，同時促進血流，增強抵抗力和營養，使潰瘍得到迅速的恢復。
2.沖洗如果分泌物較多，可用生理鹽水或3％硼酸溶液，每日沖洗結膜囊3次或更多次數，以便將分泌物、壞死組織、細菌和細菌產生的毒素沖洗出去。這樣，不但減少感染擴大的因素，同時也可保證局部上藥的濃度不至減低。
3.散瞳 ： a.阿托品爲主要而且是常用的藥物，濃度爲0.25～2％溶液或軟膏，每日滴、塗1～2次（滴藥後注意壓住淚囊，以免溶液被粘膜過分吸收，引起中毒）。 b.對單純性角膜潰瘍或刺激症狀不顯著者可以不用，對刺激症狀顯著和勢將穿孔的潰瘍必須使用。這種藥對於治療角膜潰瘍有雙重作用；一方面使瞳孔括約肌和睫狀肌得到休息，另方面可防治虹膜睫狀體炎及其所引起的後果。再者，由於眼內肌痙攣解除，因而也有減輕和止痛作用。
4.制菌劑 ： a.磺胺類化學制劑如10～30％磺胺醋酰鈉和4％磺胺異惡唑眼藥水。 b.對於革蘭氏陽性球菌的感染，每日局部滴用4至6次0.1％利福平眼藥水或0.5％紅黴素或0.5％桿菌肽眼藥水即足以控制。有些廣譜抗菌素如0.5％金黴素、0.25％氯黴素和0.5％四環素（0.5％），其抗菌作用更爲有效。 c.對於革蘭氏陰性桿菌的感染，可選用1～5％鏈黴素、0.3～0.5％慶大黴素、多粘菌素B（2萬單位／毫升）、0.25～0.5％新黴素、0.5％卡那黴素等。 d.對於細菌培養及藥物敏感試驗結果尚未知曉而病情較爲嚴重的潰瘍，開始時可同時試用多種廣譜抗菌素，輪流交替地每數分鐘或1刻鐘滴1次，繼則酌情遞減。此外亦可採用結膜下注射的給藥途徑，每日1次，並連續注射數日，直到潰瘍症狀消退爲止。有些藥物結膜下注射後，有時發生結膜壞死，應予以注意。 e.抗病毒的藥有0.1％皰疹淨等。抗黴菌製劑則有制黴菌素（25，000單位／毫升），0.1％二性黴素乙、0.5％曲古黴素和0.5％匹馬黴素等。
5.包紮和敷裹： a. 爲了使眼球停止轉動，促使潰瘍早日痊癒，必須進行包裹。。這一處理特別適應於冬季。因其不但使眼球不致受涼，而且又發生熱敷與保護作用。 b.如果結膜囊內有分泌物者，不應包紮，可以布勒氏（Buller氏）眼罩或黑眼鏡代替之。再者，如果潰瘍勢將穿破，或在結瘢期勢將隆起，應於每日施以壓迫繃帶包紮，如果日間不可能，應在晚間睡眠時用之，以期挽救不良後果。
6.病因治療： a. 治療角膜潰瘍的同時，必須注意潰瘍發生的原因，而予以治療。 b.最應注意者就是結膜病和營養不良。例如沙眼血管翳潰瘍，如果不同時治療沙眼，潰瘍難得痊癒。又例如角膜軟化，如果不注意全身營養，補充維生素A，不但角膜軟化難得痊癒，且會更加惡化。
7.刺激療法： 當潰瘍已經完全痊癒，開始結瘢，應設法使瘢痕形成得愈薄愈好。 對於小而緻密並且位於中央的角膜白斑，爲了增進視力可作增視虹膜切除術。對於較大的白斑，可施行角膜移植術。有時角膜白斑有礙美觀，可用煤煙、中國墨作角膜墨針術。
8.角膜潰瘍併發病的療法： a.對即將穿孔的角膜潰瘍應採取緊急措施。使患者臥牀，給予輕瀉劑及乙酰唑胺等降低眼內壓的藥，並囑咐患者避免打噴嚏或咳嗽等突然使腹內壓增加的動作。 b.角膜潰瘍如果穿孔，不但潰瘍傾向痊癒，並可增加角膜營養。爲達到這一目的，也可作人工前房穿刺術。這樣不但使房水緩慢流出，並可避免潰瘍自己穿破的不良後果，如虹膜脫出或晶狀體脫出等。再者，前房穿刺也有制止眼球劇烈疼痛的作用。如果在潰瘍的基底施行前房穿刺術，可用結膜瓣遮蓋。虹膜脫出者可作虹膜切除術。 c.對於角膜瘻患者，應施以燒灼術，同時並應施行抗青光眼手術與結膜瓣遮蓋角膜瘻法。 d.β射線可抑制角膜血管的生長。此外，異性蛋白療法及中藥治療都可增強全身抵抗力，促進角膜炎的癒合。 角膜潰瘍在臨牀上很難用一種嚴格的分類法來適應其各種不同的臨牀經過。
