食管炎可由不同的病因引起，如感染、化學刺激、物理性損傷、腫瘤等，造成食管下端括約肌功能障礙，經常處於鬆馳狀態，因此引起反覆、持久、多量胃食管反流。一些原因可造成擴約肌鬆馳，如飲酒、吸菸、飽餐、攝入脂肪或巧克力，胃腸插管或食管賁門手術後，腹內壓增高，胃瀦留等，均可導致胃食管反流。
胃酸與胃蛋白酶是反流物中損害食管粘膜的主要成份，當胃液pH<4能使胃蛋白酶具有水解活性，引起食管炎，十二指腸液也反流致食管粘膜損害，也稱爲鹼性反流性食管炎，反流物含有膽汁、胰液，特別是胰液中的卵磷脂，可經磷脂酶A作用而形成溶血卵磷脂，尤其是老年人胃酸分泌減少或胃酸缺乏，出現胃食管反流時，食管炎較多見。
