一般認爲，醬油的主要原料是大豆，大豆及其製品因富含硒等礦物質而有防癌的效果。但值得注意的是，醬油在生產、貯存、運輸、銷售的過程中，常因衛生條件不良而受污染，甚至帶有引發腸道傳染病的致病菌，散裝醬油的問題會更明顯。
實驗表明，傷寒桿菌可以在醬油中存活兩天，嗜鹽菌可以在醬油中長期生存。在混濁、有沉澱、有雜質的醬油中，細菌數會高於標準百倍以上，這樣的醬油如果不加熱消毒就直接食用，就有可能致病。
另外，研究人員還從醬油中發現過致癌物質。臺灣的流行病學專家調查發現，醬油的消耗量與肝癌直接相關。這是因爲醬油在發酵的過程中，蛋白質腐敗分解，產生大量的胺類物質，在亞硝酸存在的情況下，會合成致癌性的亞硝胺。
而一些生產工藝差的廠家所生產的醬油極易受到黴菌的污染。因此，從預防疾病的角度來說，除了購買質量信得過的瓶裝醬油、不買散裝醬油外，還應注意吃醬油儘量熟吃，不生吃。
此外，食用醬油還應注意以下幾點：
1、食用醬油醬油易黴變，在夏日一定要注意密閉低溫保存。
2、發黴變質的醬油不能吃。
3、服用治療血管疾病、胃腸道疾病的藥物時，應禁止食用醬油烹製的菜餚，以免引起噁心、嘔吐等副作用。
99營養師溫馨提醒食用醬油要注意衛生，注意醬油的選購，查看好生產日期和有效期等。
