食管癌象其他的惡性腫瘤一樣雖然有基因的變化背景，涉及多因素、多階段、多基因變異積累及相互作用的複雜過程，在分子水平上涉及衆多原癌基因、抑癌基因以及蛋白質的改變。但長期不良的生活或飲食習慣可能是導致食管癌發生的元兇。
目前認爲，引起食管癌的相關危險因素主要有：進食含亞硝胺類較多的食物(如喜歡醃製酸菜)或黴變食品、長期喜進燙食(如潮汕人食管癌發病率高可能與長期喝功夫茶有關)、不良嗜好(如吸菸、飲酒)等。我國是食管癌高發地區，位居腫瘤死亡的第四位。
