通常在70℃以上的高溫下，三文魚中的有益脂肪酸就會被破壞，因爲是多不飽和脂肪酸，所以在高溫下也最容易氧化，長時間高溫烹飪，連三文魚中的維生素也會變得蕩然無存。如果非要熟吃的話，最好採取快速烹飪的辦法，煮、蒸或者煎都可以，但是一定不要油炸，烹飪到三至七成熟時馬上食用，其中在五成熟的時候口感和滋味都比較到位，也別有一番風味。
生吃三文魚的時候，可以把三文魚切成薄薄的小片，然後架在冰塊或者是乾冰上。用日本醬油或者香味醬油與青芥末調和在一起，對於胃腸功能一般的人，可選擇不放芥末直接蘸取醬油食用。
在吃不全熟的三文魚時，不必擔心寄生蟲和微生物，只要是正規渠道購買的合格產品，有品質保障，那麼寄生蟲和微生物存在的數量就會很少，也很安全。一般來說魚肉越是新鮮健康，微生物也就越少，所以一定要買新鮮魚。
