首先，黃豆的含鈣量很高，但同時也含有大量影響鈣質吸收的植酸，而在發芽過程中，植酸被分解了，能促進鈣的利用和吸收。而且黃豆還含有不能被人體吸收、易引起腹脹的棉子糖等物質，這類物質在發芽過程中急劇下降，減少了喝豆漿以後腹脹現象的發生。
此外，發芽的黃豆既保留了原有的營養，還增加了新的維生素。例如，還原性維生素C從無到有，胡蘿蔔素和B族維生素也大大增加。而在發芽過程中由於酶的作用，更多的鈣、磷、鐵、鋅等礦物質元素被釋放出來。
需要注意的是，輕微發出一點小芽的黃豆可以用來做豆漿，但已經發芽很長的黃豆就是豆芽了，其性狀不適合用來做豆漿，出漿率不會很高。
