根據孩子的生理髮育過程可以將親子瑜伽分爲三個階段：
第一階段，乳兒時期的親子瑜伽
這個練習適合零到一歲或者一歲半的乳兒，這段時期的親子瑜伽練習不僅要適合母親的產後恢復，而且要活動孩子的所有感官，孩子的身心可以從這種全方位的刺激活動中得到有益的鍛鍊。
適合這一時期孩子的親子瑜伽動作主要有按摩、腿部的交叉運動（類似於半蓮花的盤腿動作）、束角式的下壓及伸展運動、腿部的輕微盤旋運動、腿部的推拉反向用力動作、上下運動的安全抱姿、螺旋式的抱起動作、四肢的轉動和伸展運動等等。
在這個過程中父母和孩子要不斷地進行眼神的交流，儘管孩子不會說話，但是父母會感覺到自己一直在和孩子聊天，他們會發現孩子做出的反應比平時要快，這與照看孩子的感覺是不一樣的，這是一種給予和獲得的感覺，它有很好的互動性，另外這種練習會讓沒有相關經驗的父母敢於在沒有危險的情況下以一種大膽的方式照顧孩子。同時這個練習對寶寶們來說益處多多，能增強他們的消化系統的功能，讓他們內臟器官的運動更有規律，並能幫助他們提高睡眠質量，並且通過與父母的交流，滿足他們心理上的依戀感和安全感。
在這個練習過程中，父母要時刻關注孩子的反應，不要強迫孩子做，如果他們有反抗的行爲就要停止這個動作了，而且父母要做得非常柔和，因爲孩子的這個階段脊柱很容易彎曲，任何動作他們都需要像在搖籃裏一樣放鬆的支撐，每次的練習不要超過10~15分鐘。
第二階段，嬰兒時期的親子瑜伽
這個練習適合一歲半到三歲的嬰兒，這個時期的嬰兒開始能夠初步地獨立活動能力，並且能初步理解周圍的事物，這段時期的親子瑜伽練習應主要在於引導和訓練孩子的身體運動能力，練習過程中父母可以利用實物或者玩具來激發孩子的興趣。
適合這一時期的親子瑜伽動作除了將乳兒時期的一些親子瑜伽動作稍稍加大強度和速度之外，還可以增加一些簡單的平衡動作、下蹲動作、擡腿及舉手的伸展運動等。
這樣的親子瑜伽能有效鍛鍊孩子的平衡力、節奏感、空間距離、神經和肌肉協調能力和反應能力，讓孩子擁有更靈活、敏捷的身手，同時能促進孩子內臟器官的發育，開發孩子的智力。同時親子瑜伽過程中父母和孩子之間的交流能促進孩子語言能力和關注能力的發展。
第三階段，幼兒時期的親子瑜伽
這個練習適合三歲到八歲的兒童，這一時期的兒童，他們的天性表現出來了，想象力豐富獨特、有創造性、有表現力、精力旺盛，他們勇敢、好奇並且天真、真誠，他們天性積極，動作敏捷迅速，喜歡變化和新奇的事物。這段時期的親子瑜伽練習可以模仿遊戲的方式，讓親子瑜伽成爲父母和孩子共同參與的遊戲，通過一定的角色扮演和故事情節來讓父母和孩子來完成一個共同的任務，從而達到親子瑜伽的目的。
這一時期的親子瑜伽對於孩子應該是一組易於模仿的動作，可以讓父母和孩子模仿孩子熟悉的動物或植物，如模仿大樹的樹式、模仿蝴蝶的蝶式、模仿狗的上犬式、下犬式、模仿小船的船式等等，也可加入一些簡單的雙人瑜伽動作，練習時可有意識地引導孩子發揮自己的想像力。
這對孩子的生長髮育有很好的促進作用，並且可以增進孩子身體的協調性、靈活性和準確性，同時可以促進孩子的想象力和創造力，進一步開發孩子的智力。
