1.抑酸藥:抑制胃酸分泌是最主要的治療措施。雷尼替丁、法莫替丁等可有效抑制胃酸分泌，但容易產生耐藥性。質子泵抑制劑如奧美拉唑、蘭索拉唑、潘妥拉唑、雷貝拉唑、耐信等，對胃酸分泌的抑制作用最強，是目前治療胃食管反流病較爲有效的藥物。鋁碳酸鎂能同時中和酸及鹼性反流物，可用於治療鹼反流患者。
2.促胃腸動力藥物:如嗎丁啉、莫沙必利等，能刺激食管及胃腸蠕動，增加下食管括約肌壓力和食管排空速度，對胃食管反流病治療有效。但單用胃腸動力藥的治療效果不理想，因此，宜與抑酸藥物同時服用。
3.胃黏膜保護劑:如硫糖鋁、麗珠得樂、施維舒等，可保護胃黏膜，促進黏膜修復。
此外，胃食管反流病還可手術治療，主要適用於食管瘢痕狹窄以及內科治療無效、反覆出血的患者。
據介紹，藥物治療胃食管反流病已有數十年曆史。但藥物治療不能根治，停藥後約有70%的患者症狀復發。長期服藥還可帶來不可避免的藥物副作用，但反酸、燒心嚴重的患者還是要用藥控制。
